南京周恩来精神研究会的前身是南京周恩来研究会（以下简称“周研会”）。1998年，在纪念周恩来诞辰100周年之际，南京市社会科学界联合会、南京市社会科学院、南京市党史工作办公室与中共代表团梅园新村纪念馆共同发起成立“周研会”。20年来，“周研会”在各级领导的关心下，在市民政局社团处、市社科联社团处的直接领导下，自我建设、自我教育、自我管理等方面的能力不断提高，各项活动正常开展，在对周恩来同志的生平和历史功绩、思想贡献、精神风范、思想方法和工作方法等方面的研究取得了较为突出的成就。
按照民政局社会团体名称命名的相关规定与原则，为规范学会名称的使用，“周研会”于2018年进行了注册更名。注册更名的过程中得到了市民政局的关心、支持与帮助。在市民政局的专业指导下，根据学会研究的对象、方法和领域，共同确定了学会的新名称为“南京周恩来精神研究会”。
2019年5月20日，南京市民政局正式批准南京周恩来精神研究会成立。
